Добрый день!
Вот с этим на Таймвебе сейчас очень большая проблема. У них какой-то новый файловый менеджер, он с багами. Среди прочего заметил по крайней мере 3:
1. Архив распаковывается в какую-то свою папку, файлы не перезаписываются. У меня с этим была проблема по обновлению с 3.3 на 3.4, пришлось просить техподдержку, чтобы они со своей стороны распаковали архив с заменой файлов.
2. Если копировать папку с содержимым (файлами) в место, где находится одноименная папка (просто чтобы перезаписать файлы), то получается, что просто в целевой папке создается такая же внутри с скопированными файлами (например есть папка api в одном месте и такая же папка api в другом. Вот если я захочу скопировать папку, то файловый менеджер не "спросит" меня - типа обнаружена папка (и файлы) с таким же именем, перезаписать? А просто создаст внутри папки api еще одно папку api - где будут файлы.
3. Собственно, даже если попытаться файл перезаписать другим таким же, то вместо перезаписи просто создастся такой же файл с "индексом" "(1)".
Прошу прощения, что не в тему, просто поделился замеченным багом, может кого-то предостерегу от подобных проблем.